Alteración brusca de un gen o de un elemento hereditario del citoplasma, como los que hay en los cloroplastos, puede ser natural o inducido por métodos químicos o radiológicos. A veces una mutación es aprovechable por suponer una innovación en el color o forma de la planta, interesando propagar vegetativamente el material resultante. Pueden darse en todas las partes de las plantas, pero las de mayor interés suelen ser las variaciones de color en hojas y flores, flores dobles, etc.
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