Disminución de la carga de microorganismos patógenos en el ambiente de las naves de la explotación ganadera. El objetivo de la desinfección es la minimización del riesgo de implantación de una enfermedad. Este proceso se aplica siempre después de otro de limpieza, donde se eliminan los materiales más groseros (suciedad). Se puede llevar a cabo mediante calor o con agentes químicos. Para la aplicación de desinfectantes de naturaleza química es necesario conocer el tipo de superficie a desinfectar, el tiempo de aplicación y la frecuencia de utilización del agente desinfectante. Un programa de desinfección conlleva la elección del desinfectante más idóneo a nuestras necesidades dejando que, tras la aplicación, éste se seque sobre las superficies completamente.
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